Rabu, 04 Januari 2012

Dinamika benthos dalam kawasan berbasis semi intensif budidaya perikanan dalam pentingnya penyelesaian kolam


 NAMA   : M.RABDI NATURA
 NIM      : 26010210120004
 PS.        : BUDIDAYA PERAIRAN


   Pada saat ini, di Portugal sebagian besarkawasannya berbasis berbasis budidaya per ikanan,
tanah tambak semi intensif di bawah pengawasan. Namun demikian, seperti di bagian lain dari
dunia, sedikit informasi yang tersedia mengenai proses benthos (baik biologis atau
geokimia) terjadi dalam kondisi produksi tersebut (misalnya Hussenot dan Martin 1995).
Dampak produksi perikanan pertanian terutama telah difokuskan pada
lepas pantai atau keramba jarring apung di muara dan teluk.

   Dalam kawasan berbasis budidaya perikanan, WR (water reservoir) berperilaku seperti laguna kecil di mana saluran pasang surut biasanya mendukung masyarakat macrofaunal yang karakteristik dari muara-seperti sistem (Gamito 1997, 2006). Bahkan macrobenthic komunitas WR dianalisis dalam penelitian ini yang umum dengan yang diamati dalam Ria Formosa Lagoon (1994). Bila dibandingkan dengan daerah lain dianalisis, WR disajikan jumlah yang lebih tinggi spesies,keanekaragaman dan kemerataan, dan spesies eksklusif, sebagai serta persentase yang lebih tinggi dari taksa sensitif terhadap pengayaan organik. Daerah tertentu  tidak
menyajikan sebuah gangguan karena pengayaan organik tetapi dikondisikan oleh pompa air
sistem, membenarkan berkurangnya jumlah spesies yang diamati bila dibandingkan dengan air reservoir. Perbedaan antara WR dan daerah tertentu juga diamati dalam CCA, yang mencerminkan perbedaan dalam jumlah dan komposisi spesies fauna antara dua daerah. Dua area yang terkena dampak (P dan SP) menunjukkan perbedaan yang jelas. Sementara SP juga hubungan langsung dengan laguna untuk memungkinkan pembuangan efluen, daerah P memiliki sirkulasi air lebih terbatas. Oleh karena itu, akan diharapkan bahwa dampak dari pengayaan organik paling menonjol di daerah ini. Tingkat gangguan tinggi diamati di kedua daerah tercermin dalam peningkatan tingkat dominasi annelida oportunistik seperti Capitella spp. dan tubificids (Pearson dan Rosenberg 1978). Asosiasi ini juga jelas dalam analisis CCA karena ini spesies dengan Desdemona ornata, Gammarus insensibilis dan Neanthes caudata dikaitkan dengan kumpulan dari daerah P dan SP, serta dengan konsentrasi tinggi klorofil dalam sedimen.

Sumber : http://www.springerlink.com/content/n1747407438p7681/

Minggu, 01 Januari 2012

PENERAPAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN


Apa kabar  nya teman-teman semua?semoga di tahun baru 2012  ini kita menjadi pribadi yang lebih baik dari tahun sebelumnya amieenn J nah,di tahun baru ini aku ingin berbagi-bagi informasi ni seputar bioinformatika di bidang budidaya perairan..,monggo silakan di lihat artikelnya semoga bermanfaat bagi teman-teman sekalian....
Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Berikut adalah beberapa contoh penerapan bioinformatika dalam bidang budidaya:
A. Teknologi ekspresi protein
Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.
B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL
Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).
C. Vaksin DNA
Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.
Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip.  Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.



  

E. Proteomics
Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.
F. Teknologi Transgenik
Teknologi transgenik telah digunakan sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan; mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.
Berikut adalah link yang dapat dilihat untuk informasi yang lebih jelas